1990-1995 г.г.
Распад СССР и переход к Российской Федерации
Политические события в стране конца 80-х годов привели к сокращениям, объединениям и ликвидации научно-исследовательских институтов страны, в том числе и в Вооруженных Силах. Стал вопрос о присоединении ГНИИ ВВС к 30-му НИИ, находящемуся в пос. Чкаловская Московской области, а на базе Ахтубинска оставить только испытательные полигоны. Однако командованию института и ВВС удалось отстоять существующую организацию, придав ей статус испытательного Центра. Директивой Главного штаба ВВС от 18 декабря 1990 года 8 ГНИИ ВВС переименован в 929 Государственный летно-испытательный ордена Ленина Краснознаменный центр Министерства обороны СССР им. В.П. Чкалова, который, как и все Вооруженные Силы России в 90-е годы, вступил в тяжелую полосу выживания. Резкое сокращение финансирования, отказ от многих военных программ, а также распад СССР с потерей испытательной инфраструктуры в Казахстане и Украине крайне осложнили работу организации.
Ограничение в финансировании привело к тому, что уже в 1995 году износ аэродрома в Ахтубинске и его сооружений составлял – 64, транспорта – 44, а оборудования – 67 процентов. Объем научно-испытательных работ (НИР) сократился в среднем до 88 (из них шесть – летных), в 1999 году в ГЛИЦ провели 191 НИР, а для сравнения в 1986 году 1320 НИР.
Начались массовые сокращения личного состава. Престиж службы в Вооруженных Силах упал до низкого уровня. По собственному желанию стали уходить со службы лётчики, инженеры. В период с 1990 года по 2013 год общая штатная численность ГЛИЦ уменьшилась в 2,3 раза, военнослужащих в 3,6 раза. Причем, на начальном этапе сокращали военнослужащих, имеющих право на пенсию, т.е. имеющих выслугу более 20 лет, а это были самые опытные испытатели.